Né dans le Val-de-Marne, formé au Tours FC, c’est au SCO d’Angers que le joueur débute sa carrière professionnelle. 3 saisons, 107 matchs, 31 buts et 12 passes décisives : sa belle aventure en terre angevine lui ouvre les portes de la Ligue 1. D’abord avec le MHSC pour 1 saison, puis avec le Stade de Reims avec qui il passera 3 saisons dans l’élite.
Mais c’est véritablement au Stade Brestois que l’attaquant explosera. Tantôt en Ligue 1, tantôt en Ligue 2, Charbonnier devient l’une des pièces maitresses de la formation bretonne. En 5 saisons il jouera 137 matchs, inscrira 53 buts et s’offrira même le luxe de remporter le trophée UNFP de meilleur joueur de Ligue 2 en 2018-2019.
Ses expériences suivantes à l’AJ Auxerre (3 saisons) puis à l’ASSE (1 an) font de Gaëtan Charbonnier un fin connaisseur de la Ligue 2 BKT.
C’est désormais en bleu que Charbonnier foule la pelouse du Stade Armand-Cesari. Il a paraphé un contrat de 1 an et demi (fin 2025) plus une saison en option avec le Sporting.
Gaëtan porte le numéro 14.